Naast het verwijderen van nutriënten uit mest, kan men mest ook, met of zonder voorgaande bewerking, gebruiken als groeimedium voor de productie van hoogwaardige eiwitten en biomassa. Hierbij worden eiwitten en biomassa geproduceerd zonder dat de meststoffen rechtstreeks in het ecosysteem terecht komen. Deze techniek draagt ook bij aan de circulariteit van de sector, mest wordt geproduceerd in de veeteelt, vervolgens wordt deze toegepast als substraat voor de productie van alternatieve eiwitbronnen, zoals insecten, eendenkroos of algen. Deze eiwitten kunnen dan weer verder gebruikt worden in bv veevoeder*.
*niet toegestaan in het huidig wettelijk kader
Een eerste mogelijkheid om eiwitten te recuperen uit mest, is het kweken van eendenkroos op verdunde meststromen (bv. Effluent). Eendenkroos is een kleine aquatische plant dat 30-40% hoogwaardig eiwit bevat. Deze plant breekt organische stof af en kan daarnaast ook heel efficiënt fosfor en stikstof opnemen uit reststromen. Een tweede mogelijkheid is om mest, voornamelijk gedroogde of gecomposteerde mest, te gebruiken als kweeksusbstraat voor insecten. Larven van de zwarte soldatenvlieg bijvoorbeeld, kunnen zeer efficiënt nutriënten opnemen uit mest om te groeien. Een laatste mogelijkheid is de kweek van algen op bv digestaat.
De geproduceerde eiwitten zouden toepassingen kunnen vinden voor in de veevoederindustrie, voedinsindustrie en biogasproductie, deze technieken zijn echter wettelijk nog niet toegestaan. Er gebeurt wel al veel onderzoek naar, maar op korte termijn is het moeilijk te realiseren, o.a. omdat er belangrijke vraagstukken op te lossen zijn inzake de waarborging van de voedselveiligheid.