Het Vlaams Coördinatiecentrum Mestverwerking heeft als intermediair tussen de overheid en de bedrijfswereld een unieke structuur.
Het beleid van VCM wordt tweemaandelijks bepaald door de raad van bestuur.
De raad van bestuur omvat één of meerdere vertegenwoordigers (met een maximum van drie) per A-lid en drie afgevaardigden namens de B-leden.
Maandelijks wordt het beleid verder uitgestippeld door het dagelijks bestuur, samengesteld vertegenwoordigers van de Vlaamse Land Maatschappij - Mestbank, Inagro, de Boerenbond en The Belgian Feed Association en het VCM-team.
Eénmaal per jaar komen alle VCM-leden samen voor de algemene vergadering waarop onder andere de jaarrekening, de begroting en eventuele wijzigingen van de statuten worden goedgekeurd.
Om concreet bepaalde actuele thema's te bespreken worden ook werkgroepen opgericht die ad hoc samenkomen en waarin de leden zetelen, eventueel aangevuld met andere experten.